לא ניתן לזרוק מזרקים חד פעמיים כרצונם לאחר השימוש. לבתי חולים כלליים יש תקנות מסוימות לשימוש במזרקים. מערכות ספציפיות כוללות בדרך כלל את הנקודות הבאות.
1. ביחידת החיסון צריך להיות אדם ייעודי האחראי על חיטוי והשמדת מזרקים חד פעמיים.
2. קבע רישומים של הקצאה או רכישה, שימוש והרס של מזרקים חד פעמיים. הרישומים צריכים להיות מלאים והחשבונות צריכים להיות עקביים.
3. השתמש במזרקים חד פעמיים לחיסון.
4. השימוש במזרקים חד פעמיים לחיסון מונע חייב ליישם בקפדנות את" אדם אחד, מחט אחת, צינור אחד, שימוש אחד, הרס אחד" מערכת.
5. בעת שימוש במזרקים חד פעמיים, צוות יחידת החיסון עממי צריך לבדוק האם אריזת המזרק שלמה ובתקופת התוקף. אין להשתמש במוצרים שאריזתם נפגעה או חרגה מתקופת התוקף.
6. עם השלמת החיסון, הכניסו את המזרק החד פעמי המשמש למיכל איסוף בטוח העמיד בפני פנצ'רים (קופסה) העשוי מחומר חזק, והעבירו אותו לסילוק לפני החיסון הבא. חל איסור מוחלט על שימוש חוזר במזרקים חד פעמיים.
7. לאחר השימוש, ניתן לעוות את המזרק החד פעמי על ידי משחתת, או לאחר שהמחט והקנה מופרדים על ידי הרס ידני, ניתן להניח את המחט ישירות במיכל הניתן לנקב או להדביק עם צבת במשך יותר מ 90 מעלות, ו ניתן להדק את המזרק בעזרת צבת. נגמול הפטמות, יש להשרות אותן בחומר חיטוי המכיל 1000 מ"ג כלור זמין במשך יותר מ -60 דקות.
לבסוף מתבצעת סילוק והרס אחיד, שריפה או הטמנה על מנת להבטיח שימוש חד פעמי במזרק.